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Huawei 鲲鹏 HPC 高性能计算(High Performance Computing,HPC)高性能计算(High Performance Computing,HPC)高性能计算集群。 集群基础环境搭建 基础环境搭建指南 介绍HPC解决方案行业应用在鲲鹏计算平台上进行软件移植前的基础环境准备。 GNU 9.1 安装指南 GNU是一个开源的开发工具链,其中包括GCC编译器、汇编器、链接器等开源工具部件。提供GNU 9.1的安装指导。 HTCondor 8.9.2 安装指南 HTCondor是一个开源的高吞吐量计算软件框架,用于计算密集型任务的粗粒度分布式并行化。提供HTCondor 8.9.2的安装指导。 Lustre 2.12.2 安装指南 Lustre是一种并行文件系统,通常用于大型计算机集群和超级计算机。提供Lustre 2.12.2的安装指导。 OpenHPC 1.3.8 安装指南 OpenHPC是一套基于Linux的HPC的社区驱动的FOSS(Free and open source software,自由及开放源代码软件)工具。提供OpenHPC 1.3.8的安装指导。 OpenMPI 4.0.1 安装指南 OpenMPI是一种高性能消息传递库。提供OpenMPI 4.0.1的安装指导。 Slurm 18.08.7 安装指南 Slurm是一个开源,高度可扩展的集群管理工具和作业调度系统,用于各种规模的Linux集群。提供Slurm 18.08.7的安装指导。 Huawei 鲲鹏 HPC 高性能计算集群-->安装部署、技术服务-->联系霍工 13301272832(加微号)-->解决您 疑难问题解决方案 //////////////////////////////////////////////////////////// 解决方案架构 针对资源调度效率低、应用性能优化难等关键挑战,通过全栈架构创新、软硬件自研、基础软件优化和行业应用性能调优等技术构建全栈高性能计算基础平台, 帮助客户释放平台算力,缩短产品上市周期,提升企业产品竞争力 行业: 气象 生命科学 教育科研 制造 半导体 油气 集群管理 与调度(DonauKit):集群管理平台多瑙套件 多瑙Portal 作业调度器 多瑙套件 多瑙调度器 基础软件(HPCKit):通信库 Hyper MPI 数学库 鲲鹏KML 编译器 鲲鹏毕昇/GCC编译器 编程框架 鲲鹏KUPL 操作系统: openEuler/其他 硬件平台: 计算 多样性算力:鲲鹏、xPU 存储 网络 AI Fabric (RoCE) 基础设施:数据中心 液冷 鲲鹏开发套件 DevKit: 开发 编译调试 测试 调优&诊断 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// 基础性能测试 IMB性能测试指导书 IMB基准测试是MPI性能的基准测量,针对各种尺寸的消息大小以进行点对点和全局通信操作。 IOR测试指导书 IOR代表“Interleaved or Random”,用于测试并行POSIX和MPI-IO级别的I/O性能。该并行程序在几组条件下对文件执行写入和读取, 并报告生成的吞吐率。 Stream测试指导书 Stream是业界广为流行的综合性内存带宽实际性能测量工具之一,支持Copy、Scale、Add和Triad四种操作。 /////////////////////////////////////////////////////////////// 行业应用移植 气象 气象行业应用移植指南,包括WRF、CAMx、CESM、NEMO和ROMS等应用。 制造 制造行业应用移植指南,包括OpenFOAM、SU2、PALABOS、deal.II和AMG等应用。 教育科研 教育科研行业应用移植指南,包括UDUNITS、GROMACS、Lammps、QUANTUM ESPRESSO和NAMD等应用。 生命科学 生命科学行业应用移植指南,包括BLAST、BWA、CNVnator、Cufflinks和GATK等应用。 其他 Hadoop、SGE、Conda、NPB和Double-conversion等应用的移植指南。 性能调优 调优概述 介绍鲲鹏处理器NUMA。 硬件基线化调优 通过配置内存、高速网卡和服务器BIOS进行调优。 系统基线化调优 通过配置OS及内核版本、调整内存页大小、解除系统资源限制和启用HugePages进行调优。 I/O调优 通过调整脏数据刷新策略、调整磁盘文件预读参数、优化磁盘I/O调度方式、 优化文件系统磁盘挂载方式和选用性能更优的文件系统XFS进行调优。 基础软件调优 通过配置编译器、数学库、MPI和OpenMP线程核绑定进行调优。 应用软件调优 通过调整并行I/O和Top-Down模型分析进行调优。 加速库调优 利用鲲鹏920处理器上带有的多种硬件加速器(如加解密、压缩解压缩)进行调优。 气象行业 成功案例 软件名 版本号 操作系统 源码包 移植指南 CESM 2.1.1 CentOS 7.6 cesm-release-cesm2.1.1.tar.gz CESM 2.1.1 移植指南 Bifrost v1.1.1 CentOS 7.6 Bifrost_bench_v1.1.1-sigma2.tgz Bifrost V1.1.1 移植指南 WRF 3.8.1 CentOS 7.6 WRF-3.8.1.tar.gz WRF 3.8.1 移植指南 CAMx 6.50 CentOS 7.6 CAMx_v6-50-src-180430.tgz CAMx 6.50 移植指南 WAVEWATCH III 6.07.1 CentOS 7.6 WW3-6.07.1.tar.gz WAVEWATCH III 6.07.1 移植指南 NEMO v3.6 CentOS 7.6 NEMO_releases_release-3.6-10083.zip NEMO V3.6 移植指南 ROMS 3.6 CentOS 7.6 ROMS_3.6 ROMS 3.6 移植指南 FVCOM 4.1 CentOS 7.6 FVCOM-4.1.tar.gz FVCOM 4.1 移植指南 MITgcm c67o CentOS 7.6 MITgcm_c67o.tar.gz MITgcm c67o 移植指南 POM POM2K CentOS 7.6 POM2K POM 移植指南 生命科学行业 成功案例 软件名 版本号 操作系统 源码包 移植指南 Canu v1.8 CentOS 7.6 canu-1.8.tar.gz CANU 1.8 移植指南 Ont-tombo 1.5.1 CentOS 7.6 通过pip命令下载 Ont-tombo 1.5.1 移植指南 BWA 0.7.17 CentOS 7.6 bwa-0.7.17.tar.bz2 BWA 0.7.17 移植指南 CNVnator v0.4.1 CentOS 7.6 CNVnator_v0.4.1.zip CNVnator v0.4.1 移植指南 Cufflinks 2.2.1 CentOS 7.6 cufflinks-2.2.1.tar.gz Cufflinks 2.2.1 移植指南 BLAST 2.9.0 CentOS 7.6 ncbi-blast-2.9.0+-src.tar.gz BLAST 2.9.0 移植指南 HISAT2 2.1.0 CentOS 7.6 hisat2-2.1.0.tar.gz HISAT2 2.1.0 移植指南 GATK 4.0.0.0 CentOS 7.6 gatk-4.0.0.0.zip GATK 4.0.0.0 移植指南 STAR 2.7.1a CentOS 7.6 STAR-2.7.1a.tar.gz STAR 2.7.1a 移植指南 Tophat2 2.1.1 CentOS 7.6 tophat-2.1.1.tar.gz Tophat2 移植指南 教育科研行业 成功案例 软件名 版本号 操作系统 源码包 移植指南 udunits 2.2.28 CentOS 7.6 udunits-2.2.28.tar.gz udunits 2.2.28 移植指南 QUANTUM ESPRESSO 6.4.1 CentOS 7.6 q-e-qe-6.4.1.tar.gz QUANTUM ESPRESSO 6.4.1 移植指南 Lammps 5 June 2019 CentOS 7.6 lammps-5Jun19.tar.gz Lammps 5 June 2019 移植指南 VASP 5.4.4 CentOS 7.6 vasp.5.4.4.tar.gz VASP 5.4.4 移植指南 NAMD 2.13 CentOS 7.6 NAMD_2.13_Source.tar.gz NAMD 2.13 移植指南 Gromacs 2019.3 CentOS 7.6 gromacs-2019.3.tar.gz Gromacs 2019.3 移植指南 ABINIT 8.10.3 CentOS 7.6 abinit-8.10.3.tar.gz ABINIT 8.10.3 移植指南 AmberTools 19 CentOS 7.6 AmberTools19.tar.bz2 AmberTools 19 移植指南 NWChem 6.8.1 CentOS 7.6 NWChem-6.8.1-release.tar.gz NWChem 6.8.1 移植指南 ROOT 6.2 CentOS 7.6 root_v6.20.00.source.tar.gz ROOT 6.20 移植指南 制造行业 成功案例 软件名 版本号 操作系统 源码包 移植指南 OpenFOAM v1906 CentOS 7.6 OpenFOAM-v1906.tgz OpenFOAM 1906 移植指南 SU2 6.0.1 CentOS 7.6 SU2-6.0.1.tar.gz SU2 6.0.1 移植指南 PALABOS v2.1r0 CentOS 7.6 palabos-v2.1r0.zip PALABOS 2.1r0 移植指南 Deal.II 9.1.1 CentOS 7.6 dealii-9.1.1.tar.gz Deal.II 9.1.1 移植指南 AMG 1.2 CentOS 7.6 AMG-1.2.zip AMG 1.2 移植指南 FDS 6.7.4 CentOS 7.6 fds-FDS6.7.4.tar.gz FDS 6.7.4 移植指南 Elmer 8.4 CentOS 7.6 elmerfem-scc20.tar.gz Elmer 8.4 移植指南 Code_Aster 14.6.0 CentOS 7.6 aster-full-src-14.6.0-1.noarch.tar.gz Code_Aster 14.6.0 移植指南 MiniDFT 1.1.1 CentOS 7.6 MiniDFT-MiniDFT-1.1.1.tar.gz MiniDFT 1.1.1 移植指南 Huawei 鲲鹏 HPC 成功案例: 某省气象中心 Huawei 鲲鹏 HPC 气象行业 安装部署、技术服务 成功案例。 某省教育科研中心 Huawei 鲲鹏 HPC 教育科研行业 安装部署、技术服务 成功案例。 某研究所生命科学行业 Huawei 鲲鹏 HPC 生命科学行业 安装部署、技术服务 成功案例。 某制造行业 Huawei 鲲鹏 HPC 制造行业 安装部署、技术服务 成功案例。 某半导体行业 Huawei 鲲鹏 HPC 半导体行业 安装部署、技术服务 成功案例。 某省油气行业 Huawei 鲲鹏 HPC 油气行业 安装部署、技术服务 成功案例。 中国·北京 联系方式: 北京 联系方式: 1)联系人: 霍 经理 2)联系电话: 13301272832 (微信同号) 3)E-mail: bjslkc@163.com 4)公司:北京深蓝融鑫科技发展有限公司
解决方案架构 针对资源调度效率低、应用性能优化难等关键挑战,通过全栈架构创新、软硬件自研、基础软件优化和行业应用性能调优等技术构建全栈高性能计算基础平台, 帮助客户释放平台算力,缩短产品上市周期,提升企业产品竞争力 行业: 气象 生命科学 教育科研 制造 半导体 油气 集群管理 与调度(DonauKit):集群管理平台多瑙套件 多瑙Portal 作业调度器 多瑙套件 多瑙调度器 基础软件(HPCKit):通信库 Hyper MPI 数学库 鲲鹏KML 编译器 鲲鹏毕昇/GCC编译器 编程框架 鲲鹏KUPL 操作系统: openEuler/其他 硬件平台: 计算 多样性算力:鲲鹏、xPU 存储 网络 AI Fabric (RoCE) 基础设施:数据中心 液冷 鲲鹏开发套件 DevKit: 开发 编译调试 测试 调优&诊断 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// 基础性能测试 IMB性能测试指导书 IMB基准测试是MPI性能的基准测量,针对各种尺寸的消息大小以进行点对点和全局通信操作。 IOR测试指导书 IOR代表“Interleaved or Random”,用于测试并行POSIX和MPI-IO级别的I/O性能。该并行程序在几组条件下对文件执行写入和读取, 并报告生成的吞吐率。 Stream测试指导书 Stream是业界广为流行的综合性内存带宽实际性能测量工具之一,支持Copy、Scale、Add和Triad四种操作。 ///////////////////////////////////////////////////////////////
行业应用移植 气象 气象行业应用移植指南,包括WRF、CAMx、CESM、NEMO和ROMS等应用。 制造 制造行业应用移植指南,包括OpenFOAM、SU2、PALABOS、deal.II和AMG等应用。 教育科研 教育科研行业应用移植指南,包括UDUNITS、GROMACS、Lammps、QUANTUM ESPRESSO和NAMD等应用。 生命科学 生命科学行业应用移植指南,包括BLAST、BWA、CNVnator、Cufflinks和GATK等应用。 其他 Hadoop、SGE、Conda、NPB和Double-conversion等应用的移植指南。
性能调优 调优概述 介绍鲲鹏处理器NUMA。 硬件基线化调优 通过配置内存、高速网卡和服务器BIOS进行调优。 系统基线化调优 通过配置OS及内核版本、调整内存页大小、解除系统资源限制和启用HugePages进行调优。 I/O调优 通过调整脏数据刷新策略、调整磁盘文件预读参数、优化磁盘I/O调度方式、 优化文件系统磁盘挂载方式和选用性能更优的文件系统XFS进行调优。 基础软件调优 通过配置编译器、数学库、MPI和OpenMP线程核绑定进行调优。 应用软件调优 通过调整并行I/O和Top-Down模型分析进行调优。 加速库调优 利用鲲鹏920处理器上带有的多种硬件加速器(如加解密、压缩解压缩)进行调优。
气象行业 成功案例 软件名 版本号 操作系统 源码包 移植指南 CESM 2.1.1 CentOS 7.6 cesm-release-cesm2.1.1.tar.gz CESM 2.1.1 移植指南 Bifrost v1.1.1 CentOS 7.6 Bifrost_bench_v1.1.1-sigma2.tgz Bifrost V1.1.1 移植指南 WRF 3.8.1 CentOS 7.6 WRF-3.8.1.tar.gz WRF 3.8.1 移植指南 CAMx 6.50 CentOS 7.6 CAMx_v6-50-src-180430.tgz CAMx 6.50 移植指南 WAVEWATCH III 6.07.1 CentOS 7.6 WW3-6.07.1.tar.gz WAVEWATCH III 6.07.1 移植指南 NEMO v3.6 CentOS 7.6 NEMO_releases_release-3.6-10083.zip NEMO V3.6 移植指南 ROMS 3.6 CentOS 7.6 ROMS_3.6 ROMS 3.6 移植指南 FVCOM 4.1 CentOS 7.6 FVCOM-4.1.tar.gz FVCOM 4.1 移植指南 MITgcm c67o CentOS 7.6 MITgcm_c67o.tar.gz MITgcm c67o 移植指南 POM POM2K CentOS 7.6 POM2K POM 移植指南
生命科学行业 成功案例 软件名 版本号 操作系统 源码包 移植指南 Canu v1.8 CentOS 7.6 canu-1.8.tar.gz CANU 1.8 移植指南 Ont-tombo 1.5.1 CentOS 7.6 通过pip命令下载 Ont-tombo 1.5.1 移植指南 BWA 0.7.17 CentOS 7.6 bwa-0.7.17.tar.bz2 BWA 0.7.17 移植指南 CNVnator v0.4.1 CentOS 7.6 CNVnator_v0.4.1.zip CNVnator v0.4.1 移植指南 Cufflinks 2.2.1 CentOS 7.6 cufflinks-2.2.1.tar.gz Cufflinks 2.2.1 移植指南 BLAST 2.9.0 CentOS 7.6 ncbi-blast-2.9.0+-src.tar.gz BLAST 2.9.0 移植指南 HISAT2 2.1.0 CentOS 7.6 hisat2-2.1.0.tar.gz HISAT2 2.1.0 移植指南 GATK 4.0.0.0 CentOS 7.6 gatk-4.0.0.0.zip GATK 4.0.0.0 移植指南 STAR 2.7.1a CentOS 7.6 STAR-2.7.1a.tar.gz STAR 2.7.1a 移植指南 Tophat2 2.1.1 CentOS 7.6 tophat-2.1.1.tar.gz Tophat2 移植指南
教育科研行业 成功案例 软件名 版本号 操作系统 源码包 移植指南 udunits 2.2.28 CentOS 7.6 udunits-2.2.28.tar.gz udunits 2.2.28 移植指南 QUANTUM ESPRESSO 6.4.1 CentOS 7.6 q-e-qe-6.4.1.tar.gz QUANTUM ESPRESSO 6.4.1 移植指南 Lammps 5 June 2019 CentOS 7.6 lammps-5Jun19.tar.gz Lammps 5 June 2019 移植指南 VASP 5.4.4 CentOS 7.6 vasp.5.4.4.tar.gz VASP 5.4.4 移植指南 NAMD 2.13 CentOS 7.6 NAMD_2.13_Source.tar.gz NAMD 2.13 移植指南 Gromacs 2019.3 CentOS 7.6 gromacs-2019.3.tar.gz Gromacs 2019.3 移植指南 ABINIT 8.10.3 CentOS 7.6 abinit-8.10.3.tar.gz ABINIT 8.10.3 移植指南 AmberTools 19 CentOS 7.6 AmberTools19.tar.bz2 AmberTools 19 移植指南 NWChem 6.8.1 CentOS 7.6 NWChem-6.8.1-release.tar.gz NWChem 6.8.1 移植指南 ROOT 6.2 CentOS 7.6 root_v6.20.00.source.tar.gz ROOT 6.20 移植指南
制造行业 成功案例 软件名 版本号 操作系统 源码包 移植指南 OpenFOAM v1906 CentOS 7.6 OpenFOAM-v1906.tgz OpenFOAM 1906 移植指南 SU2 6.0.1 CentOS 7.6 SU2-6.0.1.tar.gz SU2 6.0.1 移植指南 PALABOS v2.1r0 CentOS 7.6 palabos-v2.1r0.zip PALABOS 2.1r0 移植指南 Deal.II 9.1.1 CentOS 7.6 dealii-9.1.1.tar.gz Deal.II 9.1.1 移植指南 AMG 1.2 CentOS 7.6 AMG-1.2.zip AMG 1.2 移植指南 FDS 6.7.4 CentOS 7.6 fds-FDS6.7.4.tar.gz FDS 6.7.4 移植指南 Elmer 8.4 CentOS 7.6 elmerfem-scc20.tar.gz Elmer 8.4 移植指南 Code_Aster 14.6.0 CentOS 7.6 aster-full-src-14.6.0-1.noarch.tar.gz Code_Aster 14.6.0 移植指南 MiniDFT 1.1.1 CentOS 7.6 MiniDFT-MiniDFT-1.1.1.tar.gz MiniDFT 1.1.1 移植指南
Huawei 鲲鹏 HPC 成功案例: 某省气象中心 Huawei 鲲鹏 HPC 气象行业 安装部署、技术服务 成功案例。 某省教育科研中心 Huawei 鲲鹏 HPC 教育科研行业 安装部署、技术服务 成功案例。 某研究所生命科学行业 Huawei 鲲鹏 HPC 生命科学行业 安装部署、技术服务 成功案例。 某制造行业 Huawei 鲲鹏 HPC 制造行业 安装部署、技术服务 成功案例。 某半导体行业 Huawei 鲲鹏 HPC 半导体行业 安装部署、技术服务 成功案例。 某省油气行业 Huawei 鲲鹏 HPC 油气行业 安装部署、技术服务 成功案例。
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